Penubuhannya bertujuan membantu dan menasihati Yang di-Pertuan Agong selaku Ketua Agama Islam di Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya berhubung dengan hal ehwal agama Islam sebagaimana yang diperuntukkan oleh Seksyen 31 Akta Pentadbiran Undang-Undang Islam (Wilayah-Wilayah Persekutuan) 1993 [Akta 505].

Perkara 3 (5) Perlembagaan Persekutuan memperuntukkan bahawa :

“Walau apa pun apa-apa jua dalam Perlembagaan ini, Yang di-Pertuan Agong hendaklah menjadi Ketua Agama Islam di Wilayah-Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya; dan bagi maksud ini Parlimen boleh melalui undang-undang membuat peruntukan- peruntukan bagi mengawal selia hal ehwal agama Islam dan bagi menubuhkan suatu Majlis untuk menasihati Yang di-Pertuan Agong mengenai perkara-perkara yang berhubungan dengan agama Islam.”

Seksyen 4(1), Akta 505 pula menyatakan:-

“Maka hendaklah ada suatu badan yang dikenali sebagai “Majlis Agama Islam Wilayah Persekutuan”, untuk menasihati Yang di-Pertuan Agong dalam perkara- perkara yang berhubungan dengan agama Islam.”

Bidang kuasa MAIWP pula dijelaskan melalui Seksyen 31, Akta 505 yang menyatakan:

“Majlis hendaklah membantu dan menasihati Yang di- Pertuan Agong berkenaan dengan semua perkara yang berhubungan dengan agama Islam di dalam Wilayah- Wilayah Persekutuan, kecuali perkara-perkara Hukum Syarak dan yang berhubungan dengan pentadbiran keadilan, dan dalam semua perkara sedemikian hendaklah menjadi pihak berkuasa utama di dalam Wilayah-Wilayah Persekutuan selepas Yang di-Pertuan Agong, kecuali jika diperuntukkan selainnya dalam Akta ini.”

MAIWP secara keseluruhan mengawasi kutipan dan pengagihan zakat, pembangunan masjid/surau, sekolah-sekolah agama, pembangunan tanah wakaf dan pesaka yang terletak hak kepada MAIWP, pengurusan nikah/cerai dan rujuk dan masalah kekeluargaan, penguatkuasaan undang-undang dan pembangunan sosial masyarakat Islam.